医療脱毛は医療機関にのみに使用が許可されている医療レーザー脱毛機を使用しており、毛根細胞を破壊する事（脱毛）が可能です。エステ脱毛では特別な認可の必要が無い光脱毛器を使用しているので毛根を破壊する事ができず、あくまで毛の成長を遅らせる抑毛効果等にとどまります。

又、医療脱毛では、医師診断の上医師の監督のもと、看護師が施術を行います。エステ脱毛は資格が無くても施術が可能です。

痛みに対しても医療脱毛は麻酔が使用できるので、痛みを軽減して高い効果を得ることができます。エステ脱毛は器械の出力が低いので痛みが少ないといわれています。